天后宮創立于1866年，最初設址于義興街，1895年遷到南華醫院街現址。天后宮供奉的媽祖是許多沿海地區華人漁民供奉的海洋保護神，又稱天后，天妃娘娘，天上聖母等等。

海南人的祖先主要來自中國南部的海南島。從19世紀中葉開始，華南沿海一帶許多海南人爲了躲避鴉片戰爭的禍害，紛紛離鄉背井，橫越波濤洶湧的南中國海南下馬來群島，其中一部分最終落腳于檳城。

中國華南沿海一帶居民的媽祖信仰已有一千多年之久。根據傳説，媽祖出生于福建莆田，原名林默。她通曉天文氣象，熟悉水性，經常為漁民預測海況，並在海上搶險救難，保護船隻平安，因此被尊奉為海神。

1994 年至1995年間，海南會館展開大規模的重修工程，翻新了石雕外墻與梁柱。在天后宮内，許多清朝時留下來的文物與牌匾，至今依然保存完善。

天后宮正殿供奉天后媽祖，其右邊為水尾聖娘，左邊是108兄弟公的牌位。水尾聖娘是另一尊來自海南島的海神；108 兄弟公是19世紀一群海南籍商人，他們在南海遭遇暴風，幸免于難之後卻不幸遭越南巡警逮捕，繼而因誤判而被皇帝下令殺害，僅廚師一人生還還並將實情昭告天下，結果獲得平反昭雪，並由皇帝敕封為“昭應英烈108忠魂”，最終成爲海南人的保護神，庇佑海上的漁民和船員。

除了農曆初一十五的例常祭祀，每逢重要節慶，海南同鄉會聚集在會館舉行祭祀活動。重要的祭祀活動包括每年農曆三月廿三的媽祖誕辰，以及農曆十月十五的水尾聖娘誕辰。